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氣候條件對玉米絲黑穗病的發生有影響，今年早春高溫，土壤墑情好，農民搶墑播種。但播種后遇到持續低溫，在土壤濕度適宜條件下，土壤溫度是決定出苗時間長短的主要因素，低溫條件延長了種子萌發到出苗的時間，就會加大了絲黑穗病菌的浸染機率，絲黑穗病菌浸染的最適時期是從種子萌發開始到一葉期，也就是種子萌發到出苗期。

預防玉米絲黑穗病還是以抗病品種為基礎，化學防治為主農業保健栽培措施為輔的綜合防治技術。

選育種植抗病品種從長遠的目標，可持續控制的觀點出發，防治絲黑穗病的基礎工作應是選育抗病品種。嚴把品種審定關，杜絕高感品種在市場的流通。

加強農業保健栽培措施減少菌源，適時播種、避開低溫、減少病菌的浸染機率。在病害形成黑粉瘤未破裂時，及時摘除瘤體并攜至田外深埋，減少病菌在田間的擴散和在土壤中的存留。

化學防治使用種衣劑是防治玉米絲黑穗病最直接、經濟、有效的措施之一。目前市場上種衣劑的品種很多。針對玉米病蟲害不同的防治對象有一元和多元復配制劑，因此在使用上要有選擇性。根據大量的試驗研究證明，含有烯唑醇、戊唑醇和三唑醇成分的種衣劑對絲黑穗病的防治有明顯效果。防效高達87%-96%。但烯唑醇藥劑在低溫條件下，播種深度超過3厘米時易產生藥害。地中莖生長受到抑制，種芽拱不出土、彎曲，在地下展開子葉。因此在使用含有烯唑醇成分的種衣劑時，要適時晚播避開低溫，同時播種深度不能超過3厘米。目前戊唑醇在防治玉米絲黑穗病的種衣劑中使用最普遍。總之，利用抗病品種，有選擇性地使用種衣劑和提高播種質量，加強田間管理就可以有效地控制玉米絲黑穗病的發生與危害。