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水稻在抽穗揚花期感病，病菌危害穗上部分谷粒。初見穎谷縫處露出淡綠色塊狀小菌核，逐漸膨大，最后包裹全穎殼，形狀比健谷大3-4倍，為墨綠色，表面光滑，最后龜裂，散出墨綠色粉末。

水稻稻曲病菌的傳播是稻曲病菌以菌核和附著在種子上的厚垣孢子越冬，菌核在適宜條件下萌發出柄狀物，其頂端著生子囊殼，產生子囊和子囊孢子。厚垣孢子在適宜的條件下，長出芽管，其尖端形成分生孢子梗，著生分生孢子。越冬的厚垣孢子及第二年夏季產生的子囊孢子和分生孢子即為稻曲病的初浸染來源。子囊孢子與分生孢子借氣流傳播，侵害花器和幼穎，造成發病。

適合稻曲病發生的溫度是25℃—30℃，在水稻孕穗至抽穗揚花期高溫、多雨、寡照等均能促進該病的發生流行。施用氮肥過多、過遲，造成植株長勢過嫩、過旺，密度過大等有利于稻曲病的發生。水稻品種對稻曲病的抗病性具有顯著差異，一般大穗型品種重于小穗型品種，晚熟重于早熟，抽穗期長的發病重。

防治措施：重病區注意選用抗病品種；選用無病稻種不在病田留種，稻種經過精選后，可用藥劑消毒，方法同稻瘟病；清除病源發病田要及時摘除病粒，重病田收獲后實行深翻，將稻曲病菌核埋入深土中，以減少病原；合理適量施用化肥，防止過多、過遲施用氮肥；藥劑防治施藥適期以水稻破口前3天為最宜。用5％井崗霉素水劑100—150毫升或10％可濕性粉劑50克兌水噴霧。25％粉銹寧可濕性粉劑50克兌水噴霧。目前防效較高的藥劑有30％愛苗乳油和43％好力克懸浮劑。